Bacillus Subtilis Neden Bu Kadar Yaygın Olarak Kullanılıyor? BÖLÜM 2
"Son yıllardaki çalışmalar, neyin ne olduğuna dair görüşümüzü değiştirdi. B. subtilis hayvanların GI yolu içinde yapabilir. Geçmişte, B. subtilis çoğunlukla anaerobik olan GI yolundan bir spor olarak geçen zorunlu bir aerob olduğu düşünülüyordu. Bu nedenle, tüketiminden kaynaklanan herhangi bir yararın, sporun bazı içsel özelliklerinden kaynaklandığı düşünülüyordu. Ancak son kanıtlar şunu gösteriyor: B. subtilis tamamını tamamlayabiliryaşam döngüsü spordan vejetatif hücreye giden ve tekrar sporlanan GI yolu içinde. Aslında, GI yolu içindeki büyüme, aşağıdakiler gibi patojenleri geride bırakabilecek kadar sağlam olmalıdır: E. coli oral olarak uygulandığında kanatlı GI kanallarında." Özetle, mevcut veriler şunu gösteriyor: B. subtilis'in belirgin her yerde bulunma, yalnızca bu ortamlarda spor kalıcılığının bir sonucu değildir. Yerine B. subtilis toprak, bitki kökleri ve hayvanların GI yolu dahil olmak üzere çeşitli ortamlarda büyüdüğü görülmektedir. (Earl, Losick, Kolter, 2008).
Genomik bize ne öğretebilir? B. subtilis ekoloji?
Bugün, büyük miktarlarda sekans bilgisinin üretilmesi, birleştirilmesi ve analiz edilmesi için giderek daha kolay hale gelen yöntemler sayesinde kendimizi genomik altın çağında buluyoruz.. Bir türün ekolojisinin bir resmini elde etmek için artık yalnızca izolasyon coğrafyasına, laboratuvardaki davranışlara veya anekdot niteliğindeki raporlara güvenmemize gerek yok. Ek olarak, ilgili herhangi bir suşta bulunan veya bulunmayan genleri araştırabiliriz. Bir organizmanın genomunda kodlandığı tahmin edilen proteinlerin kimliği, o organizmanın yaşam tarzı ve yaşadığı habitatlar hakkında çok şey ortaya çıkarabilir. Genom dizisi B. subtilis 168, organizmanın yaşam tarzlarına dair pek çok içgörü sağlamıştır. Bakterinin bir patojen olmadığı görüşüyle uyumlu olarak, bilinen virülans faktörlerini kodlayan hiçbir gen bulunamadı. İlginç bir şekilde, genom, bitki kaynaklı moleküllerin kullanımı için çok sayıda yolu kodladı ve bu, bu türün bitkilerle yakından ilişkili olduğu fikrini destekledi. Bir gözlem, B. subtilis'in zorunlu bir aerob olduğuna dair uzun süredir devam eden inanca meydan okudu; varsayılan bir solunum nitrat redüktazını kodlayan genler bulundu. Bu önerdi B. subtilis elektron alıcısı olarak oksijen yerine nitrat kullanarak anaerobik olarak büyüyebilmelidir. anaerobik büyüme B. subtilis Nitrat varlığında o zamandan beri deneysel olarak gösterilmiştir. Keşif B. subtilis Anaerobik olarak büyüyebilmesi, hayvanların çoğunlukla anaerobik olan GI kanalında bitkisel yaşamın mümkün olduğu fikrini daha da desteklemektedir.
Genom dizisi ayrıca şunu ortaya çıkardı: B. subtilis genomunun nispeten büyük bir bölümünü (~%4) ikincil metabolitler yapmaya ayırmıştır. Bu bileşiklerin bazıları mantar ve bakterilerin güçlü inhibitörleridir ve muhtemelen B. subtilis doğal ortamda rekabet etmek, bitki büyümesini teşvik eder ve bir probiyotik olarak hizmet eder.
Earl, AM, Losick, R. ve Kolter, R. (2008). Ekoloji ve genomik Basil subtilis. Mikrobiyolojide Trendler, 16(6), 269–275. https://doi.org/10.1016/j.tim.2008.03.004.
