Sürdürülebilir su ürünleri yetiştiriciliğine duyulan ihtiyaç, probiyotiklerin suda yaşayan organizmalarda kullanımına yönelik araştırmaları teşvik etti. İlk ilgi, büyüme hızlandırıcı olarak ve hayvanların sağlığını iyileştirmek için kullanımlarına odaklanmıştı; ancak üreme veya stres toleransı üzerindeki etkileri gibi yeni alanlar bulundu, ancak bunun için daha bilimsel bir geliştirme gerekiyor.

Su ürünleri yetiştiriciliğinin bir endüstri olarak büyümesi son on yıllarda hızlandı; bu durum çevresel hasarlara ve çeşitli ürünlerin düşük verimliliğine yol açtı. Artan hastalık direncine, suda yaşayan organizmaların büyümesine ve yem verimliliğine duyulan ihtiyaç, su ürünleri yetiştiriciliği uygulamalarında probiyotik kullanımını beraberinde getirdi. Probiyotiklerin ilk uygulaması, hidrobiyontların (suda yaşayan organizmalar) büyümesini artırma yeteneklerini test etmek için 1986'da gerçekleşti. Daha sonra, probiyotikler su kalitesini iyileştirmek ve bakteriyel enfeksiyonları kontrol etmek için kullanıldı. Günümüzde, probiyotiklerin besinlerin sindirilebilirliğini iyileştirebileceğine, strese karşı toleransı artırabileceğine ve üremeyi teşvik edebileceğine dair belgelenmiş kanıtlar bulunmaktadır.